Originariamente, sede di un ospedale trecentesco, la chiesa nel 1557 divenne sede della Pia Università dei Cartai e posta sotto la protezione di S. Maria Maddalena.

L’edificio ha subito nel corso dei secoli diversi rifacimenti, anche a causa del sisma del 1741. Di notevole interesse sono gli affreschi trecenteschi che decorano la parete destra della chiesa, realizzati dal Maestro di Campodonico, attivo nell’abbazia di S. Biagio in Caprile, e la pala d’altare databile intorno al 1615, raffigurante S. Maria Maddalena Penitente, opera del pittore pisano Orazio Lomi, detto il Gentileschi.