Il Seicento e il Settecento
La presenza di Orazio Gentileschi a Fabriano con le sue opere e il suo intervento per affrescare la cappella del Crocifisso nella Cattedrale determinò un importante influenza sui maestri locali e fu uno dei tramiti attraverso il quale si diffuse la lezione caravaggesca in tutto il territorio marchigiano. Rimangono diverse opere del Gentileschi nelle chiese cittadine e nella collezione museale è esposta la Madonna del Rosario proveniente dalla chiesa di San Domenico. Prima della dirompente novità del Caravaggio l'influenza artistica nelle Marche era definita dalla lezione dell'arte controriformata degli Zuccari e del Barocci, la cui lezioni luministica venne fatta propria dal pittore fiorentino Andrea Boscoli del quale è esposta la Natività proveniente dal distrutto convento di San Giuseppe . Rimane in deposito presso la Pinacoteca Civica un'importante testimonianza del'arte ferrarese del primo Seicento ovvero la Sacra Famiglia di Carlo Bononi proveniente dalla Pinacoteca di Brera e già in prestito per l'evento espositivo dedicato ad Orazio Gentileschi nel 2019.
Durante il XVIII secolo gran parte delle committenze artistiche venne smaltito dalle botteghe romane di Sebastiano Conca, Ludovico Mazzanti e Francesco Mancini e allo scadere del secolo fu il romano Giuseppe Cades a dipingere per la demolita chiesa di San Francesco tre grandi tele esposte nella parete di fondo.
Gli Arazzi
Un importante incremento della collezione della Pinacoteca si ebbe in seguito all'acquisizione dell'importante collezione di 13 arazzi che il conte Stefano Montani del Grillo donò al Capitolo della Cattedrale e che furono acquisiti in deposito dal Comune tra il 1911 e il 1913 per curarne il loro restauro e scongiurare la dispersione.